Le ministère a notamment le mandat de préserver et d'améliorer la qualité de l'environnement naturel, ainsi que de conserver les ressources renouvelables du Canada. Par le biais du Service canadien de la faune, ECCC joue aussi un rôle dans la protection de la biodiversité canadienne et des espèces en péril ainsi que dans la conservation des oiseaux migrateurs.
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