Ce jeu de données contient des données d'ADN environnemental (ADNe) collectées dans le nord-est de l'océan Pacifique. Ces données ont été collectées dans le cadre de l'expédition en haute mer dans le golfe d'Alaska de l'Année internationale du saumon (AIJ) menée en mars et avril 2020 et 2021, afin d'améliorer encore la compréhension des facteurs ayant une incidence sur la survie hivernale précoce du saumon en mer. disponibles dans l'environnement pour évaluer la diversité et la composition des espèces. La base de données EDNA fournira la composition globale du nekton, du micronekton et du zooplancton, ce qui permettra d'estimer les proies du saumon et les prédateurs potentiels. Eau recueillie avec une bouteille Niskin de 2 à 3 m. 2 litres filtrés sur colonne Sterivex pour chaque réplique. Les filtres sont gelés. ADN extrait des filtres à l'aide de kits DNEasy (QUIAGEN).
Les gènes d'ARNr 16S et COI ont été amplifiés par PCR et séquencés sur la plateforme Illumina MiSeq en utilisant l'ES à 300 cycles. Les lectures ont été traitées à l'aide d'obitools (https://pythonhosted.org/OBITools/welcome.html) et ont été interrogées pour ne pas utiliser BlastN. Les lectures ont été attribuées à l'OTU à l'aide de MEGAN (https://uni-tuebingen.de/fakultaeten/mathematisch-naturwissenschaftliche-fakultaet/fachbereiche/informatik/lehrstuehle/algorithms-in-bioinformatics/software/megan6/). Les résultats ont été filtrés en utilisant un seuil de >/=10 lectures pour une détection positive. La détection de contaminations évidentes appartenant à des déchets humains ou alimentaires (mouton, porc, poulet, vache) ainsi que les témoins positifs artificiels ont été supprimés. Pour plus d'informations, contactez le Dr Christoph Deeg : chdeeg@mail.ubc.ca
10.21966/2cpk-8922
