Des échantillons sont prélevés sur 29 sites provenant des principaux affluents de 15 sous-bassins versants du bassin versant du lac Simcoe, en collaboration avec l'Office de protection de la nature de la région du lac Simcoe (LSRCA) et des partenaires gouvernementaux provinciaux et municipaux. Le LSRCA dispose de deux programmes d'échantillonnage des affluents, le programme du plan de protection du lac Simcoe (LSPP ; anciennement connu sous le nom de LSEMS), qui a été lancé dans les années 1980, et le réseau provincial de surveillance de la qualité de l'eau (PWQMN), qui a débuté sur certains sites dans les années 1960. Les échantillons sont prélevés toute l'année et comprennent à la fois un échantillonnage du débit non événementiel et un échantillonnage ciblé des eaux de ruissellement, en particulier pendant la crue printanière. Les deux programmes comprennent l'analyse en laboratoire des espèces azotées et phosphorées, du total des solides en suspension et du chlorure, et le programme PWQMN inclut également une série de métaux. Les paramètres physiques tels que le pH, la température, l'oxygène dissous, la conductivité et la turbidité sont mesurés instantanément sur site à l'aide d'une sonde portative. La qualité de l'eau est étroitement liée à l'évolution du bassin versant, notamment à l'utilisation des terres et aux zones du patrimoine naturel, aux changements climatiques et à l'ensemencement des routes, et elle a une incidence sur la qualité de l'eau du lac Simcoe. Les données sont utilisées pour évaluer la santé des cours d'eau en les comparant aux objectifs de qualité de l'eau et à l'analyse des tendances à long terme, et dans le cadre d'un programme d'indicateurs de performance clés (KPI). Les estimations des charges totales de phosphore (TP) dans le lac sont utilisées pour évaluer les progrès vers la réalisation des objectifs liés à la qualité de l'eau du Plan de protection du lac Simcoe (MECP, 2009) et d'autres initiatives de recherche diverses.
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