Le bassin versant de Sainte-Croix fait face à des défis environnementaux et socioéconomiques uniques ainsi qu'à une frontière internationale.
Dans le passé, il y a eu des déversements d'eaux usées et des déversements industriels dans le bassin versant ; la qualité de l'eau dans tout le bassin versant s'est fortement détériorée en raison de l'industrie lourde, des eaux usées municipales et d'autres contaminants. Depuis la loi sur l'eau potable de l'EPA et d'autres réglementations gouvernementales efficaces, la qualité de l'eau s'est considérablement améliorée. En 2017, la Commission internationale des voies navigables de Sainte-Croix (SCIWC) a commencé à surveiller efficacement la qualité de l'eau dans tout le bassin versant de Sainte-Croix. La surveillance régulière de la qualité de l'eau permettra de détecter en temps opportun les contaminants, de comparer de manière mesurable la qualité historique de l'eau à celle d'aujourd'hui, et contribuera à l'établissement de données de longue date.