Le but de ce projet était de créer une méthodologie d'évaluation et de production de rapports sur la santé des estuaires du Canada atlantique. Les partenaires du projet étaient basés dans l'extérieur de la baie de Fundy, l'intérieur de la baie de Fundy, la côte sud de la Nouvelle-Écosse, le nord-ouest du détroit de Northumberland, l'est du détroit de Northumberland et l'ouest de Terre-Neuve, s'occupant de la santé des estuaires de manière uniforme dans toute la région de l'Atlantique.
Les données sur la qualité de l'eau recueillies dans les estuaires incluaient les nitrates et la chlorophylle a. Les sédiments ont été analysés pour détecter la présence de contaminants, notamment de pesticides, et une série d'échantillons ont été prélevés et analysés pour détecter la présence de coliformes fécaux. Les profondeurs de Secchi ont été mesurées sur tous les sites de surveillance et un profil de profondeur de l'oxygène dissous et de la salinité a été établi chaque saison afin d'établir une stratification de la qualité de l'eau.